每个人都曾梦想自己可以飞翔……故事的开始Peter再次梦到自己次从高楼跳下，清醒过来时，他便想是不是自己可以飞？然而实际上会飞的是他的哥哥Nathan。而Peter的超能力则是吸收别人的能力。于是英雄们的故事开始了……

《超能英雄》第一季的主线是Hiro说的:“拯救拉拉队长，拯救世界!”而这里提到的拉拉队长是一个聪明美丽的女孩Claire，她试图自杀均以失败告终后，肯定了自己的超能力是长生不老。在日本的Hrio发现自己可以穿越时空，同时他发现了在美国也有个他同样具有超能力的人，于是他和好友离开了日本去了美国，并且为了阻止纽约的爆炸。

与正义相对的便是邪恶，这些具有超能力的人因为自己的特殊而痛苦，他们想变成正常人，但是也有正常人想拥有超能力以此改变世界。Sylar为了不平凡，采用了残忍的手段获得别人的能力。为了Sylar获得Claire的能力，每个人都在努力着，而Sylar却阴差阳错地杀死了Claire的同学，Claire因此暂时保住了性命。

Claire得知自己生母的下落，于是去见了生母，而这个女人也是拥有超能力的。她能控制住火。Claire最终知道了自己的父亲竟然是Nathan，而就过自己一命的年轻人Peter竟然是自己的叔叔!

Peter从画家那里得到的画显示引起纽约爆炸的人竟然是自己，因为吸收的能量过多无法控制而引起爆炸，为了阻止这件事情，Peter要求Clarie在他失控时将他杀死，然而这个时候Nathan出现了，平时活跃在政治舞台上的他，宁愿牺牲家人的利益也要获得更多的选票，在此刻，亲情战胜了利益，Nathan抱着Peter飞上了天空，而在广场上的众人只看到在远方巨大的爆炸烧红了半边天。众人没有注意到这时Sylar已经被人救走。

《超能英雄》第一季主要描述一群平凡人如何变得不平凡；而第二季将主要描写这群与众不同的人怎样尝试变回平凡人。为了重新过上普通人的生活, “英雄们”选择了逃避，纷纷离开纽约，却有一股新的邪恶力量出现，企图围捕英雄们，让他们做平凡人的美梦破裂。

英雄的故事还是在继续……